Deux sondages ont été effectués dans l’ensemble de la production lyonnaise : l’un au début (1601-1607) et l’autre à la fin du siècle (1693-1699). Plus de la moitié des ouvrages ainsi réunis, toutes catégories confondues, s’intéressent à la maladie, la santé ou à la thérapeutique. Cette préoccupation se maintient au cours du siècle et s’appuie sur une réalité plus culturelle que pathologique : des maladies bibliques telles que la lèpre, la cécité ou la stérilité y occupent une place importante. Parallèlement à cette influence religieuse, les théories de Galien sur les humeurs prévalent dans la plupart des ouvrages. Du point de vue médical comme du point de vue chrétien, la maladie apparaît comme une anormalité, conséquence de la culpabilité des hommes. Les soins corporels comme l’assistance spirituelle tendent donc à retrouver un état de pureté originel et naturel précédent la faute. Cependant, à propos du corps lui-même, une divergence se fait jour entre ces deux regards : s’agit-il de mépriser les nécessités de la chair au profit de celles de l’âme ou, au contraire, d’admirer et de soigner la machine corporelle, création de Dieu ?